Après l’effondrement de l’URSS, le conflit autour du Haut-Karabagh se transforma en guerre ouverte. En novembre 1991, l’Azerbaïdjan abolit l’autonomie de la région, et en décembre un référendum sur l’indépendance fut organisé au Haut-Karabagh. Durant l’hiver 1992, Stepanakert subit de lourds bombardements. La guerre fut tragique pour les civils des deux camps. En février 1992, lors de la prise de Khodjaly, de nombreux civils azerbaïdjanais furent tués, et en avril des dizaines de civils arméniens furent tués dans le village de Maragha.
En mai 1992, les forces arméniennes prirent Chouchi, puis peu après Latchine, ce qui ouvrit une liaison terrestre entre le Haut-Karabagh et l’Arménie. En été, une offensive azerbaïdjanaise entraîna la perte du district de Chahoumian et de la plus grande partie de Martakert, et des milliers d’Arméniens devinrent réfugiés. En 1993, les forces arméniennes prirent le contrôle de plusieurs districts entourant le Haut-Karabagh, d’où des centaines de milliers d’Azerbaïdjanais furent déplacés. En 1993, le Conseil de sécurité de l’ONU adopta quatre résolutions exigeant la cessation des hostilités et le retrait des forces des districts occupés. Le 12 mai 1994, un cessez-le-feu négocié par la Russie entra en vigueur. La guerre coûta la vie à des dizaines de milliers de personnes, et entre 1988 et 1994 plus d’un million de personnes des deux côtés perdirent leur foyer.
Pendant la guerre, l’Azerbaïdjan ferma sa frontière et sa voie ferrée avec l’Arménie, et en 1993 la Turquie ferma elle aussi sa frontière. Le gazoduc traversant la Géorgie fut plusieurs fois dynamité. En 1992–1995, l’Arménie connut une grave crise énergétique. En hiver, les logements restaient sans chauffage, l’électricité n’était fournie que 1 à 2 heures par jour, les habitants abattaient les arbres pour se chauffer, et le pain était distribué sur tickets. La centrale nucléaire de Metsamor, fermée après le séisme, fut remise en service en 1995. En raison du déclin économique et de la pauvreté, des centaines de milliers de personnes émigrèrent, surtout en Russie.
Dans le même temps se mettaient en place les institutions d’un État indépendant. En 1992, l’armée fut constituée et l’Arménie devint membre de l’ONU ; en novembre 1993, la monnaie nationale, le dram, fut mise en circulation ; en 1995, la Constitution fut adoptée par référendum. La terre et la plupart des entreprises furent privatisées. La vie politique intérieure était tendue. Les résultats de l’élection présidentielle de 1996 furent contestés par l’opposition, et en 1998, sur fond de désaccords concernant le règlement du Karabagh, Levon Ter-Petrossian démissionna. Robert Kotcharian fut élu président.
Le 27 octobre 1999, un groupe armé fit irruption à l’Assemblée nationale et tua le Premier ministre Vazguen Sargsian, le président du Parlement Karen Demirtchian et 6 autres personnes. Cette tragédie fut un choc profond pour le pays. Dans les années 2000, l’économie progressa, Erevan changea rapidement, le tourisme se développa, et avec l’aide de la diaspora des routes et des écoles furent construites et des églises restaurées, y compris en Artsakh. En 2001, l’Arménie devint membre du Conseil de l’Europe. Après l’élection présidentielle de 2008, le 1er mars, les manifestations de l’opposition à Erevan dégénérèrent en affrontements qui firent 10 morts. Serge Sargsian devint président. Les protocoles de normalisation des relations signés avec la Turquie en 2009 ne furent jamais ratifiés, et en 2015 l’Arménie adhéra à l’Union économique eurasiatique.
Après 1994, la République du Haut-Karabagh fonctionna comme un État non reconnu internationalement, doté de ses propres élections et institutions et étroitement lié à l’Arménie. Les négociations sur un règlement se déroulaient dans le cadre du Groupe de Minsk de l’OSCE, coprésidé par la Russie, les États-Unis et la France, mais aucun accord ne fut trouvé. Le cessez-le-feu sur la ligne de contact était souvent violé. Le 2 avril 2016, les forces azerbaïdjanaises lancèrent une offensive de grande ampleur, et après quatre jours de combats un cessez-le-feu fut conclu à Moscou le 5 avril. Environ 200 militaires et civils furent tués des deux côtés, et la partie azerbaïdjanaise prit le contrôle de plusieurs positions et hauteurs.
Avec la réforme constitutionnelle de 2015, l’Arménie passa à un régime parlementaire. En avril 2018, lorsque Serge Sargsian, dont les mandats présidentiels avaient pris fin, fut élu Premier ministre, des manifestations de masse pacifiques menées par Nikol Pachinian commencèrent : marches, blocages de rues et rassemblements. Le 23 avril, Sargsian démissionna ; le 8 mai, l’Assemblée nationale élut Pachinian Premier ministre ; et aux élections anticipées de décembre, son alliance obtint environ 70 % des voix. Ces événements furent connus sous le nom de « révolution de velours » et suscitèrent de grands espoirs. Mais le conflit du Karabagh restait non résolu, et en 2020 il se transforma de nouveau en guerre.
